接近傍晚时分，刘铭传才抵达台南。他当即下令将潘高升押送来见。这潘高升对所做之事供认不讳，态度极其强硬。刘铭传心想：潘高升呀潘高升，事已至此，你还凶狠如虎。就凭你杀死番民一项，杀了你的人头也不算过分！更何况还有那么多番民因房屋被毁，如今都睁大眼睛看我如何处置呢！我若袒护了你，恐怕成千受害番民也会坚决不答应的。从一定程度上讲，严肃处理你潘高升，不仅是重申了抚番纪律，做给全台将士看，也是做给那些愤愤不平的番民们看的。
想到这里，刘铭传当众拍案而起，扔出了令牌，宣布革去潘高升副将一职，将他押送军台，以观后效。其他参与烧毁番民房屋的有关将士也受到了严厉的处置，锁拿归案。
经这么一处理，番民全都拍手称快，人人奔走相告，台湾官场也为之一震。大家伙都说：“首任巡抚对番民一视同仁，丝毫没有偏袒有错官吏，足见官府是可以信任的。”
就在不久前，刘铭传才上奏朝廷，在台湾设置了法审、军台、官医各局。其中军台设在台北郊外的一个山沟里，专门用来关押犯罪官吏。潘高升被投进军台后，刘铭传又亲往该地审讯了他一次。不料这潘高升仍然不认错。刘铭传暂不与他争辩，让他拘押着再说。刘铭传要用事实说话，最终让他口服心服。结果很快显现出了效应：因刘铭传严肃处置了潘高升等，仅两天之内就有十五个部落的少数民族集体宣布就抚，归顺了官府。