1941年5月23日，“凯利”号和“克什米尔”号在胜利执行完马莱姆机场轰炸任务返航时遭到德军大规模的报复，24架德军轰炸机向它们冲来，“克什米尔”号和“凯利”号先后被击中。在“凯利”号倾覆之前，蒙巴顿一直站在驾驶台上，手中紧紧握着他心爱的操纵杆。在德军飞机的狂轰滥炸面前，他又一次显示了坚强勇敢，但失败的悲痛仍是不可避免的。最后，遍体是伤的蒙巴顿和其他幸存者被另一艘舰只救起，返回了亚历山德里亚。尽管有人对他的指挥是否得当表示怀疑，但没人否认他是一个骁勇的军官。
联合作战指挥官
1941年，蒙巴顿非常高兴地接受任命为“辉煌”号航空母舰舰长。就在这时，他又被改任与联合作战有关的职务，这有些出乎他的意料。
联合作战，也就是各兵种协调作战，在一战时就出现了，但并没有什么大的发展。德国法西斯军队攻陷法国后，英国面临海峡对面敌方控制的法国海岸线，将来反攻时登陆的困难大大增加了，对联合作战的需求便突然明显起来。丘吉尔本来于1940年任用一战中联合作战的首创者罗杰·凯斯勋爵负责建立一支联合作战部队。凯斯建立起了独立的联合作战总部，并开始训练部队，进行了几次小规模袭击，开头还不错。但凯斯已年近70，训练内容过于陈旧，排斥年轻军官，又没处理好与参谋长委员会的关系，最后丘吉尔只好让他于1941年10月辞职，而提名由蒙巴顿接替他任参谋长委员会的联合作战顾问和突袭行动指挥官。