三是拜上帝教成为太平天国领导人争权夺利的工具。在太平天国定都天京后，领导集团内部的理解、支持与顾全大局的人际关系逐渐疏淡。首义诸王各有亲信心腹，派系逐渐形成。为了保持与扩展权力，他们“彼此暌隔，猜忌日生”，权力斗争也因此不时发生。
杨秀清滥用节制诸王的权力，同时屡次利用代天父“传言”的身份，钳制和压迫北王、翼王等首义领袖。石达开“每见‘杨贼’诡称天父附体造言时，惶悚流汗”。对韦昌辉，杨更是压制、打击。
1854年6月，杨秀清命韦昌辉经略湖北，临行忽改遣韦俊、黄再兴等。8月，又令韦赴湖北安民，韦行至采石，杨复令调回，改遣石达开前往。张子朋激变水营，杨借此杖韦数百，“至不能兴”。又诡称天父附体，时挫折之。为保存自己，韦昌辉对杨秀清表面上极力讨好，阿谀逢迎，实际上，“阳下之而阴欲夺其权”。
杨秀清还向洪秀全挑战。如在生杀决定权问题上，洪秀全称，“生杀由天子，诸官莫得违”；但杨秀清则借用“传言”，以天父的权威与洪秀全较量。天王最高权力被天父接管，杨秀清遂以此示“权由己出”《金陵癸甲纪事略》。