北洋军阀内的派系之别，其实是封建社会朋党政治的一种改良模式。朋党政治是古代政坛的一种普遍现象，历朝历代的皇帝最痛恨的就是“结党营私”，因此一旦发现必然轻饶不得，但越是打压，反而越是猖獗。比如明朝的开国皇帝朱元璋，最为痛恨的就是结党，在位时的“胡惟庸案”“蓝玉案”牵连甚广，为的其实就是要根除党社。结果纵观有明一朝，朋党政治可以说达到了历史顶峰，明晚期除了出现大名鼎鼎的“东林党”，还有“浙党”“秦党”“齐党”“楚党”“宣党”等。
到清朝，朋党政治依然屡禁不止，只是不如明朝那么泛滥。这种光荣传统一直流传到了北洋时代，在清末，北洋军阀就已经形成了两大军阀体系：靠近段祺瑞的，被称为皖系；靠近冯国璋的，被称为直系。段祺瑞有两个优势，一是识时务，二是知进退。这两点对于混迹官场的人来说是最为重要的，所以段祺瑞成长得很快，在袁世凯统治晚期，就已经逐渐替代袁氏成为北洋军阀真正的当家人。
在段祺瑞壮大的同时，便有一群人开始围绕在他的身边，担任幕僚性的角色。重要的幕僚包括四位：徐树铮、曾毓隽、靳云鹏、傅良佐。这四个人可以说是能文又能武，其中徐树铮和曾毓隽，堪称皖系的两大护法。除此以外，当时有实力的地方军阀，也竞相围绕到段祺瑞的身边，比如安徽督军倪嗣冲、山东督军张怀芝、江西督军段芝贵、察哈尔都统田中玉，以及北洋将领吴光新、曲同丰、卢永祥等。在皖系的顶峰时，属直系的军阀曹锟和奉系的军阀张作霖，都是投向皖系的。