拜上帝会的教徒闻讯后，在押解途中抢回了冯云山。于是，王作新向桂平县衙门控告冯云山，说他假借宣扬上帝的妖书，结成同盟，有意践踏社稷神明，又说他要追随西鬼洋人，不遵从清朝法律，要求县府严拿查办。
当时拜上帝会已是声威大振，遍及贵县、平南、藤县、陆川、博白等处，桂平知县也慑于拜上帝会的声势，害怕扩大势态，引起农民动乱，自己也就难逃责任，乌纱不保。因此，也不敢为王作新所付小利，轻举妄动，便采取大事化小，小事化了的态度。认为王作新所诉不实，明明是因为捣毁社坛引起的争执，却偏偏捏造罪名，言过其实，因此拒绝受理此案。
可王作新并不甘心，竟然亲自率领团丁把冯云山及一些教徒一起抓走，以“阳为拜教，阴图谋反”“先打神，后打人，争王夺国”为罪名，押送到大湟扛巡桅司处，投入了监狱，再出贿巨款，非要置之于死地而后快。
听到冯云山被捕入狱的消息，洪秀全急忙赶回紫荆山设法营救。在困难时刻，洪秀全忽然想起，两广总督耆英已经奏准清朝皇帝，准许中国人和外国人信仰并宣传基督教，为了不暴露准备反抗清廷的情况，他准备利用这一合法方式营救冯云山出狱。于是，他把自己的想法与紫荆山的教徒认真进行协商之后，便火速赶往广东，准备向总督衙门禀告，请求释放因信教而被捕入狱的冯云山等人。