《文献通考》表现了马端临卓越的史识。他对中国古代社会历史的见解比以往史学家有了很大的发展，如果抛开其总结历史经验教训用以维护封建制度的目的之后，不难发现马端临的史学思想有一定的进步性。首先，马端临注重对社会经济的观察和研究，他把《通典》中的《食货典》分为八考，将田赋置于全书之首，钱币、户口、职役等次之，共计27卷，占全书类目的1／4，内容更加详尽、具体，全面展示了中国封建社会的经济结构。其次，马端临注重探求“变通张弛之故”，把“会通”思想发展到新的高度，开始从典章制度的变化来探求中国古代历史发展的规律。例如，在论及田赋制度的变化时马端临指出：“随田之在民者税之，而不复问其多寡，始于商鞅；随民之有田者税之，而不复视其丁中，始于杨炎。”[49]这里他把商鞅、杨炎的变法作为田赋制度变革的标志。尽管马端临的历史观是唯心的，但还是提出了一些接近科学的观点，给封建社会的发展勾画了一个比较清晰的线索。第三，马端临继承和发展了中国古代史学的无神论思想。杜佑在《通典》中舍弃了有关五行灾异的内容，郑樵更斥五行之说为“妖学”，而马端临认为五行灾异之说是穿凿附会之论，遂专立《物异》一考，述历代史籍中附会于五行之说的灾异等事，保留了许多自然界反常的资料，这是对待自然历史的一种客观态度，同五行学家的封建迷信思想有着根本的区别。第四，在马端临的史学思想中，爱国主义思想也有突出表现。马端临是南宋遗民，对宋朝的灭亡有切肤之痛。《文献通考》继承了“详今略古”的优良史学传统，全书有关宋朝的史事占其篇幅的一半以上，许多内容为《宋史》所未备。马端临通过对宋代史事的总结和研究，揭露了南宋王朝的腐败统治和地主阶级对农民的残酷剥削，从社会政治、经济、军事等方面探究宋亡的原因，其中不乏其独到和近乎科学的见解，字里行间流露了作者的民族感情和爱国主义思想，这是值得充分肯定的。