1928年冬，步达生和丁文江、翁文灏等人经过反复磋商，又制订出一个为期三年的发掘计划。这个计划仍为中国地质调查所和北京协和医学院共同合作，由洛克菲勒基金会提供十一万美元的庞大发掘研究经费。为规避在日后进程中可能出现的许多麻烦，需正式建立一个从事新生代地质、古生物学，特别是古人类学研究的专门机构——中国地质调查所新生代研究室。这是隶属中国地质调查所的特别部门，一切发掘研究计划将由这个组织机构制定并执行。
1929年2月8日，中美双方签订了共同拟定的章程和协定。章程规定：
丁文江为中国新生代研究室的名誉主持人。步达生为研究室名誉主任。一切采集的材料包括人类学标本在内，全部归中国地质调查所所有，但人类学标本将暂时委托北京协和医学院保管以便研究。当标本保存在地质调查所时，亦应随时为协和医学院的科学家们提供研究上的方便。一切标本均不得运出中国。