此外，《望厦条约》第17条还规定：“合众国民人在五港口贸易，或久居，或暂住，均准其租赁民房，或租地自行建楼，并设立医馆、礼拜堂及殡葬之处。”这不仅为外国侨民在通商口岸居住地的特殊化，并进而在此基础上逐步形成租界地提供了条约保证；而且，其中关于可在五口自行修建教堂的规定，也即成为其后法国要求清政府弛禁天主教的前导。条约的最后一条规定12年后修约，这为西方列强日后以修约为借口，进一步勒索侵略特权埋下了祸根。
中美《望厦条约》是美国对中英《虎门条约》中片面最惠国待遇条款的直接援用，并进一步明确为“利益均沾”的原则，这一原则在近代史上对中国造成了极为巨大的危害。此后，任何一个西方列强国家从清政府那里攫取的侵略权益，都被其他列强据此勒索到手，从而形成了西方列强利用不平等条约体系，联合侵略中国的局面。因此，中美《望厦条约》是一个比中英《南京条约》规定更完备、危害更严重的不平等条约。不久之后，它很快即成为中法《黄埔条约》及其他国家与中国所订不平等条约的范本。